コンテナ技術を用いた教育情報システムの構築

  • 宮平 賢
    • 琉球大学工学部工学科知能情報コース
  • 河野 真治
    • 琉球大学工学部

学生が自由に利用できる教育情報システムの構築

  • 情報通信技術の普及に伴い学ぶことが増えている
  • その学習環境として、Virtual MachineやContainerがある
    • 実行には高性能なPCが必要な場合がある
    • クラウドサービスもあるが、無料だと制限がある
  • 学生の学習環境として、コストを支払う必要のない環境を提供したい
  • 今年度はシステム更新があり、新しくSSDとGPUが搭載される
    • リソースを最大限利用できる教育情報システムが必要となる

これまでの学生向け学習環境

  • VM貸出サービス

    • Akatsuki
      • 申請を行い、Webコントロールパネルから作成
    • ie-virsh
      • 手元のPCで作成したVMイメージのデプロイ

  • VM貸出サービスのデフォルトスペック

    • CPU 1コア
    • メモリ 1GB
    • ディスク容量 10GB

これまでの学習環境の問題点

  • VM貸出サービスの一部学生は申請の方法が分からなかったり、貸出サービスがあることが周知されていなかったため、旧システムのリソースが余っていた

  • VMのスペックの変更にはシステム管理チームへの申請が必要であり、利用者と管理者とのやり取りなどの手間があった

  • 旧システムにはGPUが搭載されていないため、貸出サービスではなく研究室ごとの機器、クラウドサービスが多く利用された

  • ファイルシステムに使用していたGFS2はロックマネージャの影響が大きく、サーバ1台がクラスタに参加できないとGFS2上にアクセスできなくなった

教育情報システムの構築

VMベースからコンテナベースへ移行

  • 旧システムはVMベースでシステムが構築されていた
  • サービスごとにVMがあり、管理に手間が掛かる
  • VMベースでは搭載されるGPUを有効活用できない
    • 1つのVMに1台のGPUが必要
  • VM貸出サービスをやめるわけではない

コンテナ環境の導入

  • マルチユーザで利用できるPodman、Singularityを導入する
  • Podman
    • rootlessで利用できる
    • nvidia-dockerの設定を行えばGPUを利用できる
  • Singularity
    • rootlessで利用できる
    • GPUの利用が容易
      • GPUドライバーのインストールのみ

コンテナエンジンの補い

  • Podman

    • イメージの作成やコンテナの作成が遅い
    • rootlessでは実行できない機能がある
      • IPアドレスの割り当て

  • Singularity

    • イメージの作成に時間がかかる
      • ビルド中にエラーが発生すると、一から再開する必要がある

  • そこでPodmanのwrapperであるie-podmanを作成した

ie-podmanの作成

  • ユーザのUID、GIDを取得し管理を行う
    • 他のユーザのリソースを操作できない
  • SSD上にイメージ等を保存し、高速を図る

ie-podmanの機能 1/2

  • Podmanのすべての機能をwrappするのではなく、一部機能のみを提供する
コマンド 機能
build Containerfileの指示に従いイメージを作成する
cp コンテナにファイルを送信する
exec 起動中のコンテナでプロセスを実行する
images コンテナイメージの一覧を表示する
info コンテナの情報を表示する
logs コンテナのlogを表示する
ps 起動中のコンテナの一覧を表示する

ie-podmanの機能 2/2

  • registryやsifなど独自機能を提供する
コマンド 機能
registry 学科のレジストリの操作を行う
rm コンテナを削除する
run コンテナを作成する
sif イメージをsifファイルに変換する
start コンテナを起動する
stop コンテナを停止する

ジョブスケジューラの導入

  • 多くのリソースを必要とするプログラムは管理が必要である
  • 4台のサーバのリソースを利用できるようにする必要がある
  • そこで、ジョブスケジューラのSlurmを採用する
    • フォールトトレラントで拡張性が高い

ジョブスケジューラの構築

利用方針 「計算リソースの利用効率を上げる」

  • Jobの優先順位
    • 要求するリソースの少ないJobの優先度を高くする
    • 実行時間が短いJobの優先度を高くする
    • これまでのJobの実行履歴で優先度は変化しない

これでは多くのリソースを要求するJobが実行されない可能性がある。

  • Jobの実行時間
    • Jobの実行時間の記載がない場合は1日で強制終了させる
    • 管理者からJobの優先度を上げる

また、Jobのスケジュールにはバックフィルを採用する。

ファイルシステムの導入

  • Cephを採用
    • 自己修復、自己管理機能を搭載するため信頼性が高い
    • 柔軟なアクセス方法の提供
      • Object Gateway
      • ブロックデバイス
      • POSIX互換のファイルシステム

教育情報システムの構成

  • 汎用サーバ全てにKVM、Podman、Singularityをインストール
  • Slurm
    • 汎用サーバ1台をコントローラ/計算ノード
    • 残りを計算ノード
  • Ceph
    • ディスクサーバをOSD
    • 汎用サーバ3台をMON, MDS, MGR

教育情報システムの利用と管理

ie-podmanの使用方法

  • PodmanはDockerと同じCLIを提供している
  • IPアドレス、GPUをコンテナへ割り当てられる
    • ie-podman run --ip --gpu [IMAGE_NAME]
  • 作成したイメージをsifファイルへの変換に対応
    • ie-podman sif [IMAGE_NAME]

GPUの利用方法

  • Singularityでは容易にGPUを利用できる
    • singularity run --nv [SIF_NAME]
  • ホームディレクトリ、/tmpなどがコンテナにマウントされる
    • プログラムの実行に便利
  • SlurmによるJob管理
    • 必要なリソースを記述し投下する
    • CPU数、GPU数

batchファイルの例

  • Jobに必要とするリソース
    • CPU 8コア、GPU 1つ
  • Jobの実行時間
    • 1分
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name sample
#SBATCH --output logs/%x-%j.log
#SBATCH --error logs/%x-%j.err
#SBATCH --nodes 1
#SBATCH --cpus-per-task 8
#SBATCH --gpus tesla:1
#SBATCH --time 01:00

singularity exec --nv [SIF_NAME] [COMMANDS]

教育情報システムの評価

ファイルシステムの評価 1/2

  • 実験概要

    • ddコマンドを使用し書き込み速度を比較する

  • 書き込み速度の比較

    • GFS2
    • NFS
    • CephFS
    • CephRBD

ファイルシステムの評価 2/2

ie-podmanの評価 1/3

  • 実験環境

    • 新システムの汎用サーバで実施

  • 実験概要

    • イメージのBuild速度を比較する
FROM ubuntu:20.04
RUN apt-get update && \
    apt-get upgrade -y
  • Build速度の比較
    • Docker
    • Podman (rootless)
    • ie-podman (Podman rootfull wrapper)

ie-podmanの評価 2/3

ie-podmanの評価 3/3

  • Rootlessはsyscallが複数呼ばれている
    • そのため、イメージの作成が遅いのではないか
  • 左がrootless、右がrootfull

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まとめ

今後の課題

  • 教育情報システムの周知
    • Jobの投下やリソースの要求方法
    • ie-virsh、ie-podmanの使用方法
    • 定期的な周知が必要
  • ie-podmanのネットワーク構成の見直し
    • プレフィックス長が24のため、最大254個のIPアドレス
    • コンテナを停止で使用されない場合は削除する必要がある
  • 基幹サービスすべてのコンテナ移行
    • まだVMで動いている基幹サービスがある
    • コンテナ運用の経験を積んでいきたい