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author | Ken Miyahira <e175733@ie.u-ryukyu.ac.jp> |
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date | Sat, 13 Feb 2021 22:17:13 +0900 |
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top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="3" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="3" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> <h1>これまでの学生向け学習環境</h1> <ul> @@ -148,7 +148,7 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="4" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="4" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> <h1>これまでの学習環境の問題点</h1> <ul> @@ -156,10 +156,6 @@ </ul> <br /> <ul> -<li>VMのスペックの変更にはシステム管理チームへの申請が必要であり、利用者と管理者とのやり取りなどの手間があった</li> -</ul> -<br /> -<ul> <li>旧システムにはGPUが搭載されていないため、貸出サービスではなく研究室ごとの機器、クラウドサービスが多く利用された</li> </ul> <br /> @@ -186,7 +182,7 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="title" data-marpit-pagination="5" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:title;--theme:default; +" class="title" data-marpit-pagination="5" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:title;--theme:default; ;"> <h1>教育情報システムの構築</h1> </section> @@ -209,7 +205,7 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="6" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="6" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> <h1>VMベースからコンテナベースへ移行</h1> <ul> @@ -217,9 +213,10 @@ <li>サービスごとにVMがあり、管理に手間が掛かる</li> <li>VMベースでは搭載されるGPUを有効活用できない <ul> -<li>1つのVMに1台のGPUが必要</li> +<li>1つのVMに1台のGPUが必要になる</li> </ul> </li> +<li>サーバのリソースを効率よく利用できるコンテナへ移行する</li> <li>VM貸出サービスをやめるわけではない</li> </ul> </section> @@ -242,27 +239,35 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="7" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="7" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> <h1>コンテナ環境の導入</h1> <ul> -<li>マルチユーザで利用できるPodman、Singularityを導入する</li> -<li>Podman +<li> +<p>マルチユーザで利用できるPodman、Singularityを導入する</p> +</li> +<li> +<p>Podman</p> <ul> <li>rootlessで利用できる</li> +<li>Dockerと同じCLIを提供する</li> <li>nvidia-dockerの設定を行えばGPUを利用できる</li> </ul> </li> -<li>Singularity +<li> +<p>Singularity</p> <ul> -<li>rootlessで利用できる</li> -<li>GPUの利用が容易 +<li>ホームディレクトリ、/tmpなどがコンテナにマウントされる <ul> -<li>GPUドライバーのインストールのみ</li> +<li>プログラムの実行に便利</li> </ul> </li> +<li>GPUドライバーをインストールするだけでGPUが利用できる</li> </ul> </li> +<li> +<p>コンテナベースの学習環境を提供できるようになる</p> +</li> </ul> </section> </foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="8" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { @@ -284,14 +289,14 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="8" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="8" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> <h1>コンテナエンジンの補い</h1> <ul> <li> <p>Podman</p> <ul> -<li>イメージの作成やコンテナの作成が遅い</li> +<li>rootlessではイメージの作成やコンテナの作成が遅い</li> <li>rootlessでは実行できない機能がある <ul> <li>IPアドレスの割り当て</li> @@ -310,7 +315,7 @@ </ul> </li> <li> -<p>そこでPodmanのwrapperであるie-podmanを作成した</p> +<p>そこでPodmanをwrappしたie-podmanを作成した</p> </li> </ul> </section> @@ -333,16 +338,18 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="9" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="9" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> <h1>ie-podmanの作成</h1> <ul> +<li>rootfullのPodman wrapperである</li> <li>ユーザのUID、GIDを取得し管理を行う <ul> <li>他のユーザのリソースを操作できない</li> +<li>コンテナ名、イメージ名をユーザ名で補完する</li> </ul> </li> -<li>SSD上にイメージ等を保存し、高速を図る</li> +<li>SSD上にイメージ等を保存し、高速化を図る</li> </ul> </section> </foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="10" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { @@ -364,7 +371,7 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="10" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="10" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> <h1>ie-podmanの機能 1/2</h1> <ul> @@ -428,11 +435,11 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="11" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="11" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> <h1>ie-podmanの機能 2/2</h1> <ul> -<li>registryやsifなど独自機能を提供する</li> +<li>registryやsifなど独自のサブコマンドを提供する</li> </ul> <table> <thead> @@ -488,85 +495,20 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="12" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="12" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> -<h1>ジョブスケジューラの導入</h1> +<h1>ジョブスケジューラとファイルシステムの導入</h1> <ul> -<li>多くのリソースを必要とするプログラムは管理が必要である</li> -<li>4台のサーバのリソースを利用できるようにする必要がある</li> -<li>そこで、ジョブスケジューラのSlurmを採用する +<li>Slurmを採用 <ul> -<li>フォールトトレラントで拡張性が高い</li> +<li>プログラム実行のリソースの管理を行う</li> +<li>利用方針 +<ul> +<li>計算リソースの利用効率を上げる</li> </ul> </li> </ul> -</section> -</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="13" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { - background-color: #FFFFFF; - font-size: 28px; - color: #4b4b4b; - font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; -} - -section.title { - font-size: 40px; - padding: 40px; -} -section.title h1 { - text-align: center; -} - -section.slide h1 { - position: absolute; - left: 50px; top: 35px; -} -" class="slide" data-marpit-pagination="13" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; -;"> -<h1>ジョブスケジューラの構築</h1> -<p>利用方針 <strong>「計算リソースの利用効率を上げる」</strong></p> -<ul> -<li>Jobの優先順位 -<ul> -<li>要求するリソースの少ないJobの優先度を高くする</li> -<li>実行時間が短いJobの優先度を高くする</li> -<li>これまでのJobの実行履歴で優先度は変化しない</li> -</ul> </li> -</ul> -<p>これでは多くのリソースを要求するJobが実行されない可能性がある。</p> -<ul> -<li>Jobの実行時間 -<ul> -<li>Jobの実行時間の記載がない場合は<strong>1日で強制終了</strong>させる</li> -<li>管理者からJobの優先度を上げる</li> -</ul> -</li> -</ul> -<p>また、Jobのスケジュールにはバックフィルを採用する。</p> -</section> -</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="14" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { - background-color: #FFFFFF; - font-size: 28px; - color: #4b4b4b; - font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; -} - -section.title { - font-size: 40px; - padding: 40px; -} -section.title h1 { - text-align: center; -} - -section.slide h1 { - position: absolute; - left: 50px; top: 35px; -} -" class="slide" data-marpit-pagination="14" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; -;"> -<h1>ファイルシステムの導入</h1> -<ul> <li>Cephを採用 <ul> <li>自己修復、自己管理機能を搭載するため信頼性が高い</li> @@ -581,44 +523,6 @@ </li> </ul> </section> -</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="15" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { - background-color: #FFFFFF; - font-size: 28px; - color: #4b4b4b; - font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; -} - -section.title { - font-size: 40px; - padding: 40px; -} -section.title h1 { - text-align: center; -} - -section.slide h1 { - position: absolute; - left: 50px; top: 35px; -} -" class="slide" data-marpit-pagination="15" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; -;"> -<h1>教育情報システムの構成</h1> -<ul> -<li>汎用サーバ全てにKVM、Podman、Singularityをインストール</li> -<li>Slurm -<ul> -<li>汎用サーバ1台をコントローラ/計算ノード</li> -<li>残りを計算ノード</li> -</ul> -</li> -<li>Ceph -<ul> -<li>ディスクサーバをOSD</li> -<li>汎用サーバ3台をMON, MDS, MGR</li> -</ul> -</li> -</ul> -</section> </foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { background-color: #FFFFFF; font-size: 28px; @@ -638,8 +542,52 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="16" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; -;" data-marpit-advanced-background="background"><div data-marpit-advanced-background-container="true" data-marpit-advanced-background-direction="horizontal"><figure style="background-image:url("images/system.png");background-size:80%;"></figure></div></section></foreignObject><foreignObject width="1280" height="720"><section id="16" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { +" class="slide" data-marpit-pagination="13" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +;" data-marpit-advanced-background="background"><div data-marpit-advanced-background-container="true" data-marpit-advanced-background-direction="horizontal"><figure style="background-image:url("images/system.png");background-size:80%;"></figure></div></section></foreignObject><foreignObject width="1280" height="720"><section id="13" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { + background-color: #FFFFFF; + font-size: 28px; + color: #4b4b4b; + font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; +} + +section.title { + font-size: 40px; + padding: 40px; +} +section.title h1 { + text-align: center; +} + +section.slide h1 { + position: absolute; + left: 50px; top: 35px; +} +" class="slide" data-marpit-pagination="13" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +;" data-marpit-advanced-background="content"></section> +</foreignObject><foreignObject width="1280" height="720" data-marpit-advanced-background="pseudo"><section class="slide" style="" data-marpit-advanced-background="pseudo" data-marpit-pagination="13" data-marpit-pagination-total="26"></section></foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="14" data-paginate="true" data-class="title" data-theme="default" data-style="section { + background-color: #FFFFFF; + font-size: 28px; + color: #4b4b4b; + font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; +} + +section.title { + font-size: 40px; + padding: 40px; +} +section.title h1 { + text-align: center; +} + +section.slide h1 { + position: absolute; + left: 50px; top: 35px; +} +" class="title" data-marpit-pagination="14" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:title;--theme:default; +;"> +<h1>教育情報システムの利用</h1> +</section> +</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="15" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { background-color: #FFFFFF; font-size: 28px; color: #4b4b4b; @@ -658,9 +606,27 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="16" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; -;" data-marpit-advanced-background="content"></section> -</foreignObject><foreignObject width="1280" height="720" data-marpit-advanced-background="pseudo"><section class="slide" style="" data-marpit-advanced-background="pseudo" data-marpit-pagination="16" data-marpit-pagination-total="28"></section></foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="17" data-paginate="true" data-class="title" data-theme="default" data-style="section { +" class="slide" data-marpit-pagination="15" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +;"> +<h1>ie-podmanの使用方法 1/2</h1> +<ul> +<li>IPアドレス、GPUをコンテナへ割り当てられる +<ul> +<li><code>ie-podman run --ip --gpu [IMAGE_NAME]</code></li> +</ul> +</li> +</ul> +<pre><code class="language-shell"><svg data-marp-fitting="svg" data-marp-fitting-code><foreignObject><span data-marp-fitting-svg-content><span data-marp-fitting-svg-content-wrap><span class="hljs-meta">$</span><span class="bash"> ie-podman run --rm --ip --name <span class="hljs-built_in">test</span> -dit ubuntu:20.04</span> +Assign an IP address: 10.100.20.1 +6842a8a572a73f7a21542dbb9fec5b5b4ca668aa9c2f7d7fe2522e3be316836d +<span class="hljs-meta"> +$</span><span class="bash"> ping 10.100.20.1</span> +PING 10.100.20.1 (10.100.20.1) 56(84) bytes of data. +64 bytes from 10.100.20.1: icmp_seq=2 ttl=63 time=0.215 ms +64 bytes from 10.100.20.1: icmp_seq=3 ttl=63 time=0.201 ms +</span></span></foreignObject></svg></code></pre> +</section> +</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="16" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { background-color: #FFFFFF; font-size: 28px; color: #4b4b4b; @@ -679,9 +645,79 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="title" data-marpit-pagination="17" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:title;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="16" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> -<h1>教育情報システムの利用と管理</h1> +<h1>ie-podmanの使用方法 2/2</h1> +<ul> +<li>作成したイメージをsifファイルへの変換に対応 +<ul> +<li><code>ie-podman sif [IMAGE_NAME]</code></li> +</ul> +</li> +</ul> +<pre><code class="language-shell"><svg data-marp-fitting="svg" data-marp-fitting-code><foreignObject><span data-marp-fitting-svg-content><span data-marp-fitting-svg-content-wrap><span class="hljs-meta">$</span><span class="bash"> ie-podman images</span> +REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE +localhost/e175733_test latest cb42448d39ca 21 seconds ago 138 MB +<span class="hljs-meta"> +$</span><span class="bash"> ie-podman sif e175733_test</span> +INFO: Starting build... +Getting image source signatures + +(省略) + +INFO: Creating SIF file... +INFO: Build complete: e175733_test_latest.sif +<span class="hljs-meta"> +$</span><span class="bash"> ls</span> +e175733_test_latest.sif +</span></span></foreignObject></svg></code></pre> +</section> +</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="17" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { + background-color: #FFFFFF; + font-size: 28px; + color: #4b4b4b; + font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; +} + +section.title { + font-size: 40px; + padding: 40px; +} +section.title h1 { + text-align: center; +} + +section.slide h1 { + position: absolute; + left: 50px; top: 35px; +} +" class="slide" data-marpit-pagination="17" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +;"> +<h1>GPUの利用方法</h1> +<ul> +<li>Singularityでは容易にGPUを利用できる +<ul> +<li><code>singularity run --nv [SIF_NAME]</code></li> +</ul> +</li> +<li>Jobの処理手順をまとめたBatchファイルの作成する +<ul> +<li>Jobに必要なリソース、実行したい処理を記述する</li> +</ul> +</li> +<li>SlurmによるJobの投下する +<ul> +<li><code>sbatch [BATCH_FILE]</code></li> +</ul> +</li> +</ul> +<pre><code class="language-shell"><svg data-marp-fitting="svg" data-marp-fitting-code><foreignObject><span data-marp-fitting-svg-content><span data-marp-fitting-svg-content-wrap><span class="hljs-meta">$</span><span class="bash"> sbatch test.sbatch</span> +Submitted batch job 1318 +<span class="hljs-meta"> +$</span><span class="bash"> squeue</span> +JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) +1318 steins test e175733 R 0:01 1 amane +</span></span></foreignObject></svg></code></pre> </section> </foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="18" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { background-color: #FFFFFF; @@ -702,86 +738,9 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="18" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; -;"> -<h1>ie-podmanの使用方法</h1> -<ul> -<li>PodmanはDockerと同じCLIを提供している</li> -<li>IPアドレス、GPUをコンテナへ割り当てられる -<ul> -<li><code>ie-podman run --ip --gpu [IMAGE_NAME]</code></li> -</ul> -</li> -<li>作成したイメージをsifファイルへの変換に対応 -<ul> -<li><code>ie-podman sif [IMAGE_NAME]</code></li> -</ul> -</li> -</ul> -</section> -</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="19" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { - background-color: #FFFFFF; - font-size: 28px; - color: #4b4b4b; - font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; -} - -section.title { - font-size: 40px; - padding: 40px; -} -section.title h1 { - text-align: center; -} - -section.slide h1 { - position: absolute; - left: 50px; top: 35px; -} -" class="slide" data-marpit-pagination="19" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="18" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> -<h1>GPUの利用方法</h1> -<ul> -<li>Singularityでは容易にGPUを利用できる -<ul> -<li><code>singularity run --nv [SIF_NAME]</code></li> -</ul> -</li> -<li>ホームディレクトリ、/tmpなどがコンテナにマウントされる -<ul> -<li>プログラムの実行に便利</li> -</ul> -</li> -<li>SlurmによるJob管理 -<ul> -<li>必要なリソースを記述し投下する</li> -<li>CPU数、GPU数</li> -</ul> -</li> -</ul> -</section> -</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="20" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { - background-color: #FFFFFF; - font-size: 28px; - color: #4b4b4b; - font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; -} - -section.title { - font-size: 40px; - padding: 40px; -} -section.title h1 { - text-align: center; -} - -section.slide h1 { - position: absolute; - left: 50px; top: 35px; -} -" class="slide" data-marpit-pagination="20" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; -;"> -<h1>batchファイルの例</h1> +<h1>Batchファイルの例</h1> <ul> <li>Jobに必要とするリソース <ul> @@ -806,30 +765,7 @@ singularity <span class="hljs-built_in">exec</span> --nv [SIF_NAME] [COMMANDS] </span></span></foreignObject></svg></code></pre> </section> -</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="21" data-paginate="true" data-class="title" data-theme="default" data-style="section { - background-color: #FFFFFF; - font-size: 28px; - color: #4b4b4b; - font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; -} - -section.title { - font-size: 40px; - padding: 40px; -} -section.title h1 { - text-align: center; -} - -section.slide h1 { - position: absolute; - left: 50px; top: 35px; -} -" class="title" data-marpit-pagination="21" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:title;--theme:default; -;"> -<h1>教育情報システムの評価</h1> -</section> -</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="22" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { +</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="19" data-paginate="true" data-class="title" data-theme="default" data-style="section { background-color: #FFFFFF; font-size: 28px; color: #4b4b4b; @@ -848,28 +784,11 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="22" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="title" data-marpit-pagination="19" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:title;--theme:default; ;"> -<h1>ファイルシステムの評価 1/2</h1> -<ul> -<li> -<p>実験概要</p> -<ul> -<li><code>dd</code>コマンドを使用し書き込み速度を比較する</li> -</ul> -</li> -<li> -<p>書き込み速度の比較</p> -<ul> -<li>GFS2</li> -<li>NFS</li> -<li>CephFS</li> -<li>CephRBD</li> -</ul> -</li> -</ul> +<h1>教育情報システムの評価</h1> </section> -</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { +</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="20" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { background-color: #FFFFFF; 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-;" data-marpit-advanced-background="content"> -<h1>ファイルシステムの評価 2/2</h1> -</section> -</foreignObject><foreignObject width="1280" height="720" data-marpit-advanced-background="pseudo"><section class="slide" style="" data-marpit-advanced-background="pseudo" data-marpit-pagination="23" data-marpit-pagination-total="28"></section></foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="24" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { - background-color: #FFFFFF; - font-size: 28px; - color: #4b4b4b; - font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; -} - -section.title { - font-size: 40px; - padding: 40px; -} -section.title h1 { - text-align: center; -} - -section.slide h1 { - position: absolute; - left: 50px; top: 35px; -} -" class="slide" data-marpit-pagination="24" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="slide" data-marpit-pagination="20" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> <h1>ie-podmanの評価 1/3</h1> <ul> @@ -981,8 +857,8 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="25" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; -;" data-marpit-advanced-background="background"><div data-marpit-advanced-background-container="true" data-marpit-advanced-background-direction="horizontal"><figure style="background-image:url("images/container2.png");background-size:70%;"></figure></div></section></foreignObject><foreignObject width="1280" height="720"><section id="25" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { +" class="slide" data-marpit-pagination="21" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +;" data-marpit-advanced-background="background"><div data-marpit-advanced-background-container="true" data-marpit-advanced-background-direction="horizontal"><figure style="background-image:url("images/container2.png");background-size:70%;"></figure></div></section></foreignObject><foreignObject width="1280" height="720"><section id="21" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { background-color: #FFFFFF; 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+ font-size: 28px; + color: #4b4b4b; + font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; +} + +section.title { + font-size: 40px; + padding: 40px; +} +section.title h1 { + text-align: center; +} + +section.slide h1 { + position: absolute; + left: 50px; top: 35px; +} +" class="slide" data-marpit-pagination="22" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +;"> +<h1>ie-podmanの評価 3/3</h1> +<ul> +<li>Rootlessは<code>syscall</code>が複数呼ばれている +<ul> +<li>そのため、イメージの作成が遅いのではないか</li> +</ul> +</li> +<li>左がrootless、右がrootfull</li> +</ul> +<p><img src="images/syscall.png" alt="height:325" style="height:325px;" /></p> +</section> +</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="23" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { background-color: #FFFFFF; font-size: 28px; color: #4b4b4b; @@ -1024,20 +932,48 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; 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-;"> -<h1>まとめ</h1> +" class="slide" data-marpit-pagination="24" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +;" data-marpit-advanced-background="content"> +<h1>ファイルシステムの評価 2/2</h1> </section> -</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="28" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { +</foreignObject><foreignObject width="1280" height="720" data-marpit-advanced-background="pseudo"><section class="slide" style="" data-marpit-advanced-background="pseudo" data-marpit-pagination="24" data-marpit-pagination-total="26"></section></foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="25" data-paginate="true" data-class="title" data-theme="default" data-style="section { background-color: #FFFFFF; font-size: 28px; color: #4b4b4b; @@ -1079,7 +1015,40 @@ position: absolute; left: 50px; top: 35px; } -" class="slide" data-marpit-pagination="28" data-marpit-pagination-total="28" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; +" class="title" data-marpit-pagination="25" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:title;--theme:default; +;"> +<h1>まとめ</h1> +<ul> +<li>今年度のシステム更新で教育情報システムの構築を行った +<ul> +<li>VMベースからコンテナベースへの移行ができた</li> +<li>学生が自由にサーバのリソースを利用できるようになった</li> +</ul> +</li> +<li>Cephと、これまでのGFS2との書き込み速度の比較を行った</li> +<li>不便な点を補うために作成したie-podmanの評価を行った</li> +</ul> +</section> +</foreignObject></svg><svg data-marpit-svg="" viewBox="0 0 1280 720"><foreignObject width="1280" height="720"><section id="26" data-paginate="true" data-class="slide" data-theme="default" data-style="section { + background-color: #FFFFFF; + font-size: 28px; + color: #4b4b4b; + font-family: "Arial", "Hiragino Maru Gothic ProN"; +} + +section.title { + font-size: 40px; + padding: 40px; +} +section.title h1 { + text-align: center; +} + +section.slide h1 { + position: absolute; + left: 50px; top: 35px; +} +" class="slide" data-marpit-pagination="26" data-marpit-pagination-total="26" style="--paginate:true;--class:slide;--theme:default; ;"> <h1>今後の課題</h1> <ul> @@ -1087,7 +1056,6 @@ <ul> <li>Jobの投下やリソースの要求方法</li> <li>ie-virsh、ie-podmanの使用方法</li> -<li>定期的な周知が必要</li> </ul> </li> <li>ie-podmanのネットワーク構成の見直し @@ -1102,6 +1070,11 @@ <li>コンテナ運用の経験を積んでいきたい</li> </ul> </li> +<li>監視システムの導入 +<ul> +<li>Prometheusによるコンテナの監視</li> +</ul> +</li> </ul> </section> <script>!function(){"use strict";const t="marpitSVGPolyfill:setZoomFactor,",e=Symbol();let r,o;function n(n){const i="object"==typeof n&&n.target||document,a="object"==typeof n?n.zoom:n;window[e]||(Object.defineProperty(window,e,{configurable:!0,value:!0}),window.addEventListener("message",(({data:e,origin:r})=>{if(r===window.origin)try{if(e&&"string"==typeof e&&e.startsWith(t)){const[,t]=e.split(","),r=Number.parseFloat(t);Number.isNaN(r)||(o=r)}}catch(t){console.error(t)}})));let l=!1;Array.from(i.querySelectorAll("svg[data-marpit-svg]"),(t=>{var e,n,i,s;t.style.transform||(t.style.transform="translateZ(0)");const c=a||o||t.currentScale||1;r!==c&&(r=c,l=c);const d=t.getBoundingClientRect(),{length:u}=t.children;for(let r=0;r<u;r+=1){const o=t.children[r],a=o.getScreenCTM();if(a){const t=null!==(n=null===(e=o.x)||void 0===e?void 0:e.baseVal.value)&&void 0!==n?n:0,r=null!==(s=null===(i=o.y)||void 0===i?void 0:i.baseVal.value)&&void 0!==s?s:0,l=o.firstChild,{style:u}=l;u.transformOrigin||(u.transformOrigin=`${-t}px ${-r}px`),u.transform=`scale(${c}) matrix(${a.a}, ${a.b}, ${a.c}, ${a.d}, ${a.e-d.left}, ${a.f-d.top}) translateZ(0.0001px)`}}})),!1!==l&&Array.from(i.querySelectorAll("iframe"),(({contentWindow:e})=>{null==e||e.postMessage(`${t}${l}`,"null"===window.origin?"*":window.origin)}))}r=1,o=void 0;const i=(t,e,r)=>{if(t.getAttribute(e)!==r)return t.setAttribute(e,r),!0};function a({once:t=!1,target:e=document}={}){const r="Apple Computer, Inc."===navigator.vendor?[n]:[];let o=!t;const a=()=>{for(const t of r)t({target:e});!function(t=document){Array.from(t.querySelectorAll('svg[data-marp-fitting="svg"]'),(t=>{var e;const r=t.firstChild,o=r.firstChild,{scrollWidth:n,scrollHeight:a}=o;let l,s=1;if(t.hasAttribute("data-marp-fitting-code")&&(l=null===(e=t.parentElement)||void 0===e?void 0:e.parentElement),t.hasAttribute("data-marp-fitting-math")&&(l=t.parentElement),l){const t=getComputedStyle(l),e=Math.ceil(l.clientWidth-parseFloat(t.paddingLeft||"0")-parseFloat(t.paddingRight||"0"));e&&(s=e)}const c=Math.max(n,s),d=Math.max(a,1),u=`0 0 ${c} ${d}`;i(r,"width",`${c}`),i(r,"height",`${d}`),i(t,"preserveAspectRatio",getComputedStyle(t).getPropertyValue("--preserve-aspect-ratio")||"xMinYMin meet"),i(t,"viewBox",u)&&t.classList.toggle("__reflow__")}))}(e),o&&window.requestAnimationFrame(a)};return a(),()=>{o=!1}}const l=Symbol(),s=document.currentScript;((t=document)=>{if("undefined"==typeof window)throw new Error("Marp Core's browser script is valid only in browser context.");if(t[l])return t[l];const e=a({target:t}),r=()=>{e(),delete t[l]};Object.defineProperty(t,l,{configurable:!0,value:r})})(s?s.getRootNode():document)}();
--- a/slide/slide.md Sat Feb 13 15:41:52 2021 +0900 +++ b/slide/slide.md Sat Feb 13 22:17:13 2021 +0900 @@ -69,10 +69,6 @@ </br> -- VMのスペックの変更にはシステム管理チームへの申請が必要であり、利用者と管理者とのやり取りなどの手間があった - -</br> - - 旧システムにはGPUが搭載されていないため、貸出サービスではなく研究室ごとの機器、クラウドサービスが多く利用された </br> @@ -90,9 +86,9 @@ - 旧システムはVMベースでシステムが構築されていた - サービスごとにVMがあり、管理に手間が掛かる - VMベースでは搭載されるGPUを有効活用できない - - 1つのVMに1台のGPUが必要 + - 1つのVMに1台のGPUが必要になる +- サーバのリソースを効率よく利用できるコンテナへ移行する - VM貸出サービスをやめるわけではない -- サーバのリソースを効率よく利用できるコンテナへ移行 --- # コンテナ環境の導入 @@ -100,31 +96,36 @@ - マルチユーザで利用できるPodman、Singularityを導入する - Podman - rootlessで利用できる + - Dockerと同じCLIを提供する - nvidia-dockerの設定を行えばGPUを利用できる - Singularity - - rootlessで利用できる - - GPUの利用が容易 - - GPUドライバーのインストールのみ + - ホームディレクトリ、/tmpなどがコンテナにマウントされる + - プログラムの実行に便利 + - GPUドライバーをインストールするだけでGPUが利用できる + +- コンテナベースの学習環境を提供できるようになる --- # コンテナエンジンの補い - Podman - - イメージの作成やコンテナの作成が遅い + - rootlessではイメージの作成やコンテナの作成が遅い - rootlessでは実行できない機能がある - IPアドレスの割り当て - Singularity - イメージの作成に時間がかかる - ビルド中にエラーが発生すると、一から再開する必要がある -- そこでPodmanのwrapperであるie-podmanを作成した +- そこでPodmanをwrappしたie-podmanを作成した --- # ie-podmanの作成 +- rootfullのPodman wrapperである - ユーザのUID、GIDを取得し管理を行う - 他のユーザのリソースを操作できない -- SSD上にイメージ等を保存し、高速を図る + - コンテナ名、イメージ名をユーザ名で補完する +- SSD上にイメージ等を保存し、高速化を図る --- # ie-podmanの機能 1/2 @@ -144,7 +145,7 @@ --- # ie-podmanの機能 2/2 -- registryやsifなど独自機能を提供する +- registryやsifなど独自のサブコマンドを提供する | コマンド | 機能 | | --- | --- | @@ -156,32 +157,12 @@ | stop | コンテナを停止する | --- -# ジョブスケジューラの導入 - -- 多くのリソースを必要とするプログラムは管理が必要である -- 4台のサーバのリソースを利用できるようにする必要がある -- そこで、ジョブスケジューラのSlurmを採用する - - フォールトトレラントで拡張性が高い - ---- -# ジョブスケジューラの構築 +# ジョブスケジューラとファイルシステムの導入 -利用方針 **「計算リソースの利用効率を上げる」** -- Jobの優先順位 - - 要求するリソースの少ないJobの優先度を高くする - - 実行時間が短いJobの優先度を高くする - - これまでのJobの実行履歴で優先度は変化しない - -これでは多くのリソースを要求するJobが実行されない可能性がある。 -- Jobの実行時間 - - Jobの実行時間の記載がない場合は**1日で強制終了**させる - - 管理者からJobの優先度を上げる - -また、Jobのスケジュールにはバックフィルを採用する。 - ---- -# ファイルシステムの導入 - +- Slurmを採用 + - プログラム実行のリソースの管理を行う + - 利用方針 + - 計算リソースの利用効率を上げる - Cephを採用 - 自己修復、自己管理機能を搭載するため信頼性が高い - 柔軟なアクセス方法の提供 @@ -190,47 +171,72 @@ - POSIX互換のファイルシステム --- -# 教育情報システムの構成 - -- 汎用サーバ全てにKVM、Podman、Singularityをインストール -- Slurm - - 汎用サーバ1台をコントローラ/計算ノード - - 残りを計算ノード -- Ceph - - ディスクサーバをOSD - - 汎用サーバ3台をMON, MDS, MGR - ---- ![bg 80%](images/system.png) --- <!-- class: title --> -# 教育情報システムの利用と管理 +# 教育情報システムの利用 --- <!-- class: slide --> -# ie-podmanの使用方法 +# ie-podmanの使用方法 1/2 -- PodmanはDockerと同じCLIを提供している - IPアドレス、GPUをコンテナへ割り当てられる - `ie-podman run --ip --gpu [IMAGE_NAME]` +```shell +$ ie-podman run --rm --ip --name test -dit ubuntu:20.04 +Assign an IP address: 10.100.20.1 +6842a8a572a73f7a21542dbb9fec5b5b4ca668aa9c2f7d7fe2522e3be316836d + +$ ping 10.100.20.1 +PING 10.100.20.1 (10.100.20.1) 56(84) bytes of data. +64 bytes from 10.100.20.1: icmp_seq=2 ttl=63 time=0.215 ms +64 bytes from 10.100.20.1: icmp_seq=3 ttl=63 time=0.201 ms +``` + +--- +# ie-podmanの使用方法 2/2 - 作成したイメージをsifファイルへの変換に対応 - `ie-podman sif [IMAGE_NAME]` +```shell +$ ie-podman images +REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE +localhost/e175733_test latest cb42448d39ca 21 seconds ago 138 MB + +$ ie-podman sif e175733_test +INFO: Starting build... +Getting image source signatures + +(省略) + +INFO: Creating SIF file... +INFO: Build complete: e175733_test_latest.sif + +$ ls +e175733_test_latest.sif +``` --- # GPUの利用方法 - Singularityでは容易にGPUを利用できる - `singularity run --nv [SIF_NAME]` -- ホームディレクトリ、/tmpなどがコンテナにマウントされる - - プログラムの実行に便利 -- SlurmによるJob管理 - - 必要なリソースを記述し投下する - - CPU数、GPU数 +- Jobの処理手順をまとめたBatchファイルの作成する + - Jobに必要なリソース、実行したい処理を記述する +- SlurmによるJobの投下する + - `sbatch [BATCH_FILE]` +```shell +$ sbatch test.sbatch +Submitted batch job 1318 + +$ squeue +JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) +1318 steins test e175733 R 0:01 1 amane +``` --- -# batchファイルの例 +# Batchファイルの例 - Jobに必要とするリソース - CPU 8コア、GPU 1つ @@ -256,23 +262,6 @@ --- <!-- class: slide --> -# ファイルシステムの評価 1/2 - -- 実験概要 - - `dd`コマンドを使用し書き込み速度を比較する - -- 書き込み速度の比較 - - GFS2 - - NFS - - CephFS - - CephRBD - ---- -# ファイルシステムの評価 2/2 - -![bg 70%](images/fswrite.png) - ---- # ie-podmanの評価 1/3 - 実験環境 @@ -307,9 +296,32 @@ ![height:325](images/syscall.png) --- +# ファイルシステムの評価 1/2 + +- 実験概要 + - `dd`コマンドを使用し書き込み速度を比較する + +- 書き込み速度の比較 + - GFS2 + - NFS + - CephFS + - CephRBD + +--- +# ファイルシステムの評価 2/2 + +![bg 70%](images/fswrite.png) + +--- <!-- class: title --> # まとめ +- 今年度のシステム更新で教育情報システムの構築を行った + - VMベースからコンテナベースへの移行ができた + - 学生が自由にサーバのリソースを利用できるようになった +- Cephと、これまでのGFS2との書き込み速度の比較を行った +- 不便な点を補うために作成したie-podmanの評価を行った + --- <!-- class: slide --> # 今後の課題 @@ -317,10 +329,11 @@ - 教育情報システムの周知 - Jobの投下やリソースの要求方法 - ie-virsh、ie-podmanの使用方法 - - 定期的な周知が必要 - ie-podmanのネットワーク構成の見直し - プレフィックス長が24のため、最大254個のIPアドレス - コンテナを停止で使用されない場合は削除する必要がある - 基幹サービスすべてのコンテナ移行 - まだVMで動いている基幹サービスがある - - コンテナ運用の経験を積んでいきたい \ No newline at end of file + - コンテナ運用の経験を積んでいきたい +- 監視システムの導入 + - Prometheusによるコンテナの監視 \ No newline at end of file