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--- a/paper/final_main/chapter3.tex	Mon Feb 19 02:14:44 2018 +0900
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@@ -99,7 +99,7 @@
 
 今回作成した、ジョブに投入するためのシェルスクリプトを以下(ソースコード\ref{src:LogupdateTest.pl})に示す。
 
-\begin{lstlisting}[frame=lrbt,label=src:LogupdateTest.pl,caption=本実験で投入するジョブスクリプト,numbers=left]
+\begin{lstlisting}[frame=lrbt,label=LogupdateTest.pl,caption=本実験で投入するジョブスクリプト,numbers=left]
 #!/bin/sh
 #PBS -q jungle
 #PBS -N LogUpdateTest
@@ -155,24 +155,11 @@
 \section{測定用プログラムの実装}
 これまで、本実験の概要、測定環境について説明し、次にTORQUEによるJungleへのプログラム投下方法と、Aliceによる分散通信部分の構築方法について説明した。次説では、本実験の手順と合わせて、今回実装した部分である、Jungleにデータを書き込むための機能と時間計測部分について解説する。
 本実験において、木構造を形成した32台のうち、16台のJungleへデータを100回書き込むプログラムを作成した。また、複数の子ノードにデータをそれぞれ書き込み、最終的にrootノードへデータを書き込んでいく時間を計測する為の機能を、新たにAliceに実装した。
-以下のソースコード \ref{src:Logupdate}は、実装したテストプログラムの起動部分である。
+以下のソースコード \ref{Logupdate}は、実装したテストプログラムの起動部分である。
 
-\begin{lstlisting}[frame=lrbt,label=src:Logupdate,caption=測定用プログラムの起動部分,numbers=left]
-mysystem("ssh $nodes[0] \"cd $logFile/$logNum;java -cp ../../build/libs/logupdateTest-1.1.jar alice.topology.manager.TopologyManager -conf ../../scripts/tree.dot -p 10000 --showTime --noKeepAlive >  $logNum\" ",1);
-$logNum++;
-sleep 10;
-for my $i (1..($#nodes-1)) {
-  mkdir "$logFile/$logNum";
-  mysystem("ssh $nodes[$i] \"cd $logFile/$logNum;java -jar ../../build/libs/logupdateTest-1.1.jar -host $nodes[0] -p 10003 -port 10000  --noKeepAlive > $logNum\" & ");
-  $logNum++;
-}
-mkdir "$logFile/$logNum";
-mysystem("ssh $nodes[$#nodes] \"cd $logFile/$logNum;java -jar ../../build/libs/logupdateTest-1.1.jar -host $nodes[0] -p 10003 -port 10000  -write -count 10 --noKeepAlive > $logNum\" &" );
-for (@wait) {
-    wait;
-}
-\end{lstlisting}
-1行目で本実験のネットワークトポロジーを形成するためtopokogymanagerの起動を行なっている。$nodesはVM0~VM31台の、合計32台の仮想マシンを表し、TopologyManagerはVM0に起動する。
+\lstinputlisting[frame=lrbt, label=Logupdate, caption=測定用プログラムの起動部分,numbers=left]{./plsource.txt}
+
+1行目で本実験のネットワークトポロジーを形成するためtopokogymanagerの起動を行なっている。\$nodesはVM0~VM31台の、合計32台の仮想マシンを表し、TopologyManagerはVM0に起動する。
 -p オプションはTopologyManagerが開くポートの番号、-confオプションには dot ファイルのパスを渡している。ポート番号はAliceのより記述された並列分散プログラムの起動時に渡す必要がある。
 dot ファイルには、トポロジーをどのように構成するかが書かれている。dotファイルを読み込んだAliceのTopologyManagerに対して、サーバーノードは誰に接続を行えばよいかを尋ねる。TopologyManagerは尋ねてきたサーバーノードに対してノード番号を割り振り、dotファイルに記述している通りにサーバーノードが接続を行うように指示をだす。
 -showTime オプションは、今回Aliceに実装した機能である。--showTime オプションをつけることで、出力される結果に、子ノードのJungleからの書き込みがrootノードのJungleへ到達し、書き込みが終了したときの時間が表示されるようになる。
@@ -182,9 +169,6 @@
 -countオプションは、何回データを書き込むかを指定することができる。隣に引数をつけることで、回数を設定できる。本実験では、16台のJungleで、100回データを書き込むよう設定する。
 すなわち、TopologyManagerに１台、writeモードで立ち上げるJungleに16台使た後、残りの15台はそのままJungleを起動させている。
 このスクリプトは、TORQUEによって各サーバーノードへ投入され、実行される。
-
 %データを複数書き込む機能は、Jungleを立ち上げる際に-writeオプションと-countオプションをつけることで搭載される。
-
 %Aliceのコードを参照する限り、TopologyManagerが起動した時から、終了するまでの間で時間を取得している。
-
 %この図だと末端の子ノードからのみ書き込まれているように見える。実際は1~16の様々な場所にあるノードから書き込む。
\ No newline at end of file

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+++ b/paper/final_main/main.aux	Mon Feb 19 11:04:26 2018 +0900
@@ -33,10 +33,30 @@
 \@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {3.4}TORQUE Resource Manager}{8}}
 \@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {3.2}{\ignorespaces TORQUEの構成}}{9}}
 \newlabel{fig:torque}{{3.2}{9}}
-\newlabel{src:LogupdateTest.pl}{{3.1}{9}}
+\newlabel{LogupdateTest.pl}{{3.1}{9}}
 \@writefile{lol}{\contentsline {lstlisting}{\numberline {3.1}本実験で投入するジョブスクリプト}{9}}
 \@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {3.5}分散フレームワーク Alice による分散環境の構築}{10}}
 \@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {3.3}{\ignorespaces AliceによるJungleの木構造トポロジーの形成}}{10}}
 \newlabel{fig:topologymanager}{{3.3}{10}}
 \@writefile{lof}{\contentsline {figure}{\numberline {3.4}{\ignorespaces トポロジーの形成}}{11}}
 \newlabel{fig:LogupdateTree}{{3.4}{11}}
+\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {3.6}測定用プログラムの実装}{12}}
+\newlabel{Logupdate}{{3.2}{12}}
+\@writefile{lol}{\contentsline {lstlisting}{\numberline {3.2}測定用プログラムの起動部分}{12}}
+\@writefile{toc}{\contentsline {chapter}{\numberline {第4章}性能評価}{14}}
+\@writefile{lof}{\addvspace {10\p@ }}
+\@writefile{lot}{\addvspace {10\p@ }}
+\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {4.1}java版jungleとhuskell版jungleの比較}{14}}
+\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {4.2}java版jungleの分散性能の評価}{14}}
+\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {4.3}性能測定方法の評価}{14}}
+\@writefile{toc}{\contentsline {chapter}{\numberline {第5章}結論}{15}}
+\@writefile{lof}{\addvspace {10\p@ }}
+\@writefile{lot}{\addvspace {10\p@ }}
+\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {5.1}まとめ}{15}}
+\@writefile{toc}{\contentsline {section}{\numberline {5.2}今後の課題}{15}}
+\bibcite{1}{1}
+\bibcite{2}{2}
+\bibcite{3}{3}
+\bibcite{4}{4}
+\bibcite{5}{5}
+\bibcite{5}{6}

Binary file paper/final_main/main.dvi has changed

--- a/paper/final_main/main.lof	Mon Feb 19 02:14:44 2018 +0900
+++ b/paper/final_main/main.lof	Mon Feb 19 11:04:26 2018 +0900
@@ -0,0 +1,12 @@
+\addvspace {10\p@ }
+\addvspace {10\p@ }
+\contentsline {figure}{\numberline {2.1}{\ignorespaces ツリー型のトポロジー}}{4}
+\contentsline {figure}{\numberline {2.2}{\ignorespaces ring型のトポロジー}}{5}
+\contentsline {figure}{\numberline {2.3}{\ignorespaces メッシュ型のトポロジー}}{5}
+\addvspace {10\p@ }
+\contentsline {figure}{\numberline {3.1}{\ignorespaces 複数のjungleに書き込まれたデータがrootのjungleへ到達する時間を計測する}}{7}
+\contentsline {figure}{\numberline {3.2}{\ignorespaces TORQUEの構成}}{9}
+\contentsline {figure}{\numberline {3.3}{\ignorespaces AliceによるJungleの木構造トポロジーの形成}}{10}
+\contentsline {figure}{\numberline {3.4}{\ignorespaces トポロジーの形成}}{11}
+\addvspace {10\p@ }
+\addvspace {10\p@ }

--- a/paper/final_main/main.log	Mon Feb 19 02:14:44 2018 +0900
+++ b/paper/final_main/main.log	Mon Feb 19 11:04:26 2018 +0900
@@ -1,4 +1,4 @@
-This is e-pTeX, Version 3.14159265-p3.7.1-161114-2.6 (utf8.euc) (TeX Live 2017) (preloaded format=platex 2018.2.19)  19 FEB 2018 02:10
+This is e-pTeX, Version 3.14159265-p3.7.1-161114-2.6 (utf8.euc) (TeX Live 2017) (preloaded format=platex 2018.2.19)  19 FEB 2018 10:58
 entering extended mode
  restricted \write18 enabled.
  %&-line parsing enabled.
@@ -529,7 +529,11 @@
    defining Unicode char U+2026 (decimal 8230)
    defining Unicode char U+2122 (decimal 8482)
    defining Unicode char U+2423 (decimal 9251)
-)) (./main.aux)
+)) (./main.aux
+
+LaTeX Warning: Label `5' multiply defined.
+
+)
 \openout1 = `main.aux'.
 
 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OML/cmm/m/it on input line 78.
@@ -551,21 +555,35 @@
 \c@lstlisting=\count117
 File: fig/ryukyu.pdf Graphic file (type pdf)
 <fig/ryukyu.pdf>
-
-[0
+ [0
 
 ]
 LaTeX Font Info:    Font shape `JT1/mc/bx/n' in size <24.88> not available
 (Font)              Font shape `JT1/gt/m/n' tried instead on input line 87.
 LaTeX Font Info:    Font shape `JY1/mc/bx/n' in size <24.88> not available
 (Font)              Font shape `JY1/gt/m/n' tried instead on input line 87.
- (./main.toc)
+ (./main.toc
+LaTeX Font Info:    Font shape `JT1/mc/bx/n' in size <12> not available
+(Font)              Font shape `JT1/gt/m/n' tried instead on input line 1.
+LaTeX Font Info:    Font shape `JY1/mc/bx/n' in size <12> not available
+(Font)              Font shape `JY1/gt/m/n' tried instead on input line 1.
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msa on input line 2.
+
+(/usr/local/texlive/2017/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/umsa.fd
+File: umsa.fd 2013/01/14 v3.01 AMS symbols A
+)
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msb on input line 2.
+
+(/usr/local/texlive/2017/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/umsb.fd
+File: umsb.fd 2013/01/14 v3.01 AMS symbols B
+))
 \tf@toc=\write3
 \openout3 = `main.toc'.
 
  [1
 
-] (./main.lof)
+]
+(./main.lof)
 \tf@lof=\write4
 \openout4 = `main.lof'.
 
@@ -598,15 +616,7 @@
 <pic/mesh.pdf>
 ) (./chapter3.tex [4] [5]
 第 3 章
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msa on input line 21.
-(/usr/local/texlive/2017/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/umsa.fd
-File: umsa.fd 2013/01/14 v3.01 AMS symbols A
-)
-LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msb on input line 21.
-
-(/usr/local/texlive/2017/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/umsb.fd
-File: umsb.fd 2013/01/14 v3.01 AMS symbols B
-) [6
+[6
 
 ]
 File: ./pic/gaiyou.pdf Graphic file (type pdf)
@@ -615,34 +625,43 @@
 File: ./pic/torque.pdf Graphic file (type pdf)
 <./pic/torque.pdf>
 
+
+LaTeX Warning: Reference `src:LogupdateTest.pl' on page 8 undefined on input li
+ne 100.
+
 [8] [9]
 File: pic/topologymanager3.pdf Graphic file (type pdf)
 <pic/topologymanager3.pdf>
  [10]
 File: pic/LogupdateTree.pdf Graphic file (type pdf)
 <pic/LogupdateTree.pdf>
- [11]
-LaTeX Font Info:    Font shape `JT1/mc/bx/n' in size <12> not available
-(Font)              Font shape `JT1/gt/m/n' tried instead on input line 158.
-LaTeX Font Info:    Font shape `JY1/mc/bx/n' in size <12> not available
-(Font)              Font shape `JY1/gt/m/n' tried instead on input line 158.
+ [11] (./plsource.txt)) [12] (./chapter4.tex [13]
+第 4 章
+[14
+
+]) (./chapter5.tex
+第 5 章
+) (./bibliography.tex [15
+
+]) (./thanks.tex [16
+
+]) [17
+
+] (./main.aux)
+
+LaTeX Warning: There were undefined references.
 
 
-LaTeX Warning: Reference `src:Logupdate' on page 12 undefined on input line 158
-.
+LaTeX Warning: There were multiply-defined labels.
 
-! Missing $ inserted.
-<inserted text> 
-                $
-l.185 
-       
+ ) 
 Here is how much of TeX's memory you used:
- 4020 strings out of 493640
- 48917 string characters out of 6148698
- 191649 words of memory out of 5000000
- 7549 multiletter control sequences out of 15000+600000
+ 4043 strings out of 493640
+ 49134 string characters out of 6148698
+ 191714 words of memory out of 5000000
+ 7556 multiletter control sequences out of 15000+600000
  16433 words of font info for 66 fonts, out of 8000000 for 9000
  929 hyphenation exceptions out of 8191
  27i,9n,32p,662b,1686s stack positions out of 5000i,500n,10000p,200000b,80000s
 
-Output written on main.dvi (15 pages, 34944 bytes).
+Output written on main.dvi (21 pages, 53348 bytes).

--- a/paper/final_main/main.lol	Mon Feb 19 02:14:44 2018 +0900
+++ b/paper/final_main/main.lol	Mon Feb 19 11:04:26 2018 +0900
@@ -0,0 +1,2 @@
+\contentsline {lstlisting}{\numberline {3.1}本実験で投入するジョブスクリプト}{9}
+\contentsline {lstlisting}{\numberline {3.2}測定用プログラムの起動部分}{12}

Binary file paper/final_main/main.pdf has changed

--- a/paper/final_main/main.toc	Mon Feb 19 02:14:44 2018 +0900
+++ b/paper/final_main/main.toc	Mon Feb 19 11:04:26 2018 +0900
@@ -0,0 +1,20 @@
+\contentsline {chapter}{\numberline {第1章}はじめに}{1}
+\contentsline {section}{\numberline {1.1}研究背景}{1}
+\contentsline {section}{\numberline {1.2}研究目的}{2}
+\contentsline {chapter}{\numberline {第2章}分散版jungleデータベース}{3}
+\contentsline {section}{\numberline {2.1}Jungleデータベースの構造}{3}
+\contentsline {section}{\numberline {2.2}分散機構}{3}
+\contentsline {chapter}{\numberline {第3章}評価実験}{6}
+\contentsline {section}{\numberline {3.1}実験目的}{6}
+\contentsline {section}{\numberline {3.2}実験概要}{7}
+\contentsline {section}{\numberline {3.3}実験環境}{8}
+\contentsline {section}{\numberline {3.4}TORQUE Resource Manager}{8}
+\contentsline {section}{\numberline {3.5}分散フレームワーク Alice による分散環境の構築}{10}
+\contentsline {section}{\numberline {3.6}測定用プログラムの実装}{12}
+\contentsline {chapter}{\numberline {第4章}性能評価}{14}
+\contentsline {section}{\numberline {4.1}java版jungleとhuskell版jungleの比較}{14}
+\contentsline {section}{\numberline {4.2}java版jungleの分散性能の評価}{14}
+\contentsline {section}{\numberline {4.3}性能測定方法の評価}{14}
+\contentsline {chapter}{\numberline {第5章}結論}{15}
+\contentsline {section}{\numberline {5.1}まとめ}{15}
+\contentsline {section}{\numberline {5.2}今後の課題}{15}